Aulendorf liegt inmitten des Schwäbischen Oberlandes zwischen Donau und Bodensee, umgeben von Wiesen, Mooren und Wäldern, an der Oberschwäbischen Barockstraße und an der Schwäbischen Bäderstraße.
Seit dem 26. Mai 1849 liegt Aulendorf an der Bahnstrecke Biberach